Bis 2005 waren die Länder Saarland (mit zwei Drittel) und Rheinland-Pfalz (mit einem Drittel) Träger des IBFI (heute LZI) Schloss Dagstuhl. Die Grundausstattung wurde vom Saarland u. a. mit Strukturhilfemitteln und Mitteln aus dem Hochschulbauförderprogramm finanziert. Sie wurde durch Spenden verschiedener Förderer aus der Industrie und des Publikationswesen ergänzt. Die laufenden Kosten können nur zum Teil durch Teilnehmergebühren abgedeckt werden und werden größtenteils durch die Träger finanziert.

Im Januar 2003 hat der Wissenschaftsrat eine Stellungnahme zum »Internationalen Begegnungs- und Forschungszentrum für Informatik« verabschiedet und die Aufnahme als Serviceeinrichtung für die Forschung in die gemeinsame Forschungsförderung von Bund und Ländern (früher »Blaue Liste«, jetzt Leibniz-Gemeinschaft) empfohlen (vgl. Empfehlung des Wissenschaftsrates). Das Zentrum ist seit dem 1. Januar 2005 Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft (WGL), in der führende außeruniversitäre Forschungsinstitute und wissenschaftliche Serviceeinrichtungen in Deutschland vertreten sind.

Seit dem 1. Januar 2006 wird das LZI Schloss Dagstuhl durch Bund (50%) und Länder gemeinsam gefördert. Die 50%ige Länderförderung übernehmen - als WGL-Einrichtung mit  Infrastrukturaufgaben - zu 25% die beiden Sitzländer Saarland und Rheinland-Pfalz, der Rest wird nach dem Königsteiner Schlüssel von den übrigen Ländern übernommen.