Das Wissenschaftliche Direktorium wird nach Vorschlägen der Gesellschafter und des Beirates vom Aufsichtsrat berufen. Es besteht aus 14 persönlich vom Aufsichtsrat berufenen Mitgliedern und setzt sich aus vier Mitgliedern der Gesellschaft für Informatik (zwei nominiert durch das GI-Präsidium, zwei durch den GI-Beirat der Universitätsprofessoren), und je einem von den weiteren Gesellschaftern (s. o.) nominierten Mitglied zusammen. Dabei repräsentieren die Mitglieder die Informatik, nicht jedoch die Gesellschafter, die sie nominiert haben. Zuständig für die Ausgewogenheit der repräsentierten Gebiete ist der Beirat, der aus den Nominierungen der Gesellschafter dem Aufsichtsrat eine ausgewogene Auswahl vorschlägt.

Die Aufgabe des Wissenschaftlichen Direktoriums ist die Realisierung des Gesellschaftszwecks in wissenschaftlich-fachlicher Hinsicht. Es tagt zweimal im Jahr, legt dabei das Forschungs- und Veranstaltungsprogramm fest, sichert die Qualität und überwacht die Durchführung.

Die für eine dreijährige Amtszeit (Wiederberufung möglich) vom Aufsichtsrat  berufenen ehrenamtlichen Mitglieder des Wissenschaftlichen Direktoriums sind namentlich:

• Prof. Dr. Susanne Albers, Vertreterin der Gesellschaft für Informatik e.V. (GIBU)
• Prof. Dr. Bernd Becker, Vertreter der  Gesellschaft für Informatik e.V. (GIBU)
• Prof. Dr. Karsten Berns, Vertreter der TU Kaiserslautern
• Prof. Dr. Stephan Diehl, Vertreter der Universität Trier
• Prof. Dr. Hannes Hartenstein, Vertreter des Karlsruher Instituts für Technologie
• Prof. Dr. Han La Poutré, Vertreter des CWI Amsterdam
• Prof. Dr. Stephan Merz, Vertreter von INRIA
• Prof. Dr.-Ing. Bernhard Mitschang, Vertreter der Universität Stuttgart
• Prof. Dr. Bernhard Nebel, Vertreter der Gesellschaft für Informatik e.V. (GI-Präsidium)
• Prof. Dr. Bernt Schiele, Vertreter der MPG 
• Prof. Dr. Nicole Schweikardt, Vertreterin der Universität Frankfurt
• Prof. Dr. Raimund Seidel, Vertreter der Gesellschaft für Informatik e.V. (GI-Präsidium)
• Prof. Dr. Michael Waidner, Vertreter der TU Darmstadt
• Prof. Dr. Dr. h.c. Reinhard Wilhelm, Wissenschaftlicher Direktor, Vertreter der Universität des Saarlandes

Zur Unterstützung des Direktoriums hinsichtlich fachlich nicht abgedeckter Themenbereiche wurden vom Wissenschaftlichen Beirat folgende ehrenamtliche Members-at-Large vorgeschlagen und vom Aufsichtsrat berufen:

• Prof. Dr. Luca Benini, University of Bologna
• Prof. Dr. Jan-Olof Eklundh, Royal Inst. of Technology, Stockholm
• Prof. Dr. Friedemann Mattern, ETH Zürich
• Prof. Dr. David Notkin, University of Washington